База данных Oracle Database 11g была значительно усилена, для того чтобы воспользоваться всеми преимуществами среды хранения Exadata. Программное обеспечение Exadata оптимально разделяется между сервером базы данных и ячейкой Exadata. Сервер базы данных и программное обеспечение сервера хранения Exadata взаимодействуют, используя для этого iDB – протокол интеллектуальной базы данных. Протокол iDB реализован в ядре базы данных и прозрачно отображает операции базы данных на расширенные за счет Exadata операции. В дополнение к традиционной пересылке блоков данных, обеспечиваемой базой данных, протокол iDB реализует архитектуру передачу функций. Протокол iDB используется для передачи SQL-операций на выполнение вниз, в ячейки Exadata и для возвращения результирующих наборов запросов в экземпляр базы данных. Вместо того чтобы возвращать блоки базы данных, ячейки Exadata возвращают только строки и столбцы, удовлетворяющие SQL-запросам. Подобно существующим протоколам ввода-вывода, iDB может также непосредственно читать и писать последовательности байтов с диска и на диск, так что в тех случаях, когда разгрузить обработку не представляется возможным, Exadata работает, как традиционное запоминающее устройство для базы данных Oracle. Но когда подобная разгрузка выполнима, накопленные в экземпляре базы данных сведения дают возможность, например, передавать вниз просмотры таблиц, чтобы эти операции выполнялись на сервере хранения Exadata, а на сервер базы данных возвращались только запрошенные данные.
Протокол iDB построен на базе промышленного стандарта протокола Reliable Datagram Sockets (RDSv3) и выполняется поверх протокола InfiniBand. Для устранения ненужного копирования блоков используется реализация ZDP (Zero-loss Zero-copy Datagram Protocol) или RDS с отсутствием промежуточного копирования. На серверах базы данных и ячейках Exadata могут использоваться несколько сетевых интерфейсов. Это протокол с очень малым временем ожидания, который сводит к минимуму число создаваемых копий данных, которые требуются для обслуживания операций ввода-вывода.